Επειδή το Υπολογιστικό Κέντρο (Υ/Κ) καλείται να καλύψει πολύπλοκες επιστημονικές και ερευνητικές ανάγκες, η διοίκηση του Πανεπιστημίου είχε ορίσει κατά διαστήματα τις παρακάτω επιτροπές:
1. Μικτή Επιτροπή του Η/Υ (Μάϊος 1986) - Πρόεδρος Αντιπρύτανης Καθ. Στ. Νεγρεπόντης
2. Επιτροπή Λειτουργίας του Η/Υ (Οκτώβριος 1988)
3. Επιτροπή Εφαρμογής Πληροφορικής στο ΕΚΠΑ (Νοέμβριος 1988) - Πρόεδρος Πρύτανης Καθ.Μ.Σταθόπουλος
4. Συμβούλιο Υπολογιστικού Κέντρου (Ιανουάριος 2001) - Πρόεδρος καθηγητής Τμήματος Πληροφορικής Κ.Χαλάτσης
5. Επιτροπή Εποπτείας Υ/Κ (Ιούλιος 2007)
Οι επιτροπές λειτούργησαν βοηθητικά προς τις επιλογές και πολιτικές του Υ/Κ, ώστε να αξιοποιούνται κατά το μέγιστο οι διαθέσιμοι υπολογιστικοί πόροι και να καλύπτονται οι απαιτήσεις των χρηστών στις αυξημένες υπολογιστικές τους ανάγκες.